İlk Genel Kurul kararı uyarınca ayrımsız bir genel af çıkarılması ve ölüm cezasının kaldırılması için bir kampanya yürütülmüştür. İnsan Hakları Evrensel Bildirisi´nin yayınlanışının 39. yıldönümü nedeniyle bir İnsan Hakları Kurultayı düzenlenmiştir.
1988-1991 yıllarında yoğun olarak cezaevleri ile ilgili sorunlarla ilgilenilmiştir. Ünlü "1 Ağustos Genelgesi" denilen baskı genelgesine karşı mücadele edilmiş, insan hakları savunucularının düzenlediği "Cezaevlerinde İnsanca Yaşam" konulu yürüyüşte derneğimizin kurucu üyelerinden, insan haklarının yılmaz savunucularından Didar Şensoy 1 Eylül 1987´de yaşamını yitirmiştir.
1991 Ekim- Kasım aylarında gündeme getirilen hücre tipi Eskişehir Cezaevi uygulamasına karşı teorik ve aktif mücadeleler verilmiş, pratik etkinliklerin yanı sıra, cezaevleri ile ilgili raporlar, "Kara Kitap", "Türkiye´de Cezaevleri" (çeviri) başlıklı kitaplar yayınlanmıştır.
Bu yıllarda, önemli çalışmalarımızdan birisi de Askeri Mahkemelerde verilen cezaların artırılmasına ilişkin yasa maddesinin Anayasa´nın eşitlik ilkesine aykırı olduğu yönünde açılan kampanyamızdır. Nitekim bu kampanya etkili olmuş, çalışmalar neticesinde talepler doğrultusunda değişiklik gerçekleşmiştir.
1988-1990 yıllarında özellikle Körfez krizinin derinleşmesiyle, toplumumuzdaki muhalefeti bastırmak için egemenler idam yaptırımını tekrar bir tehdit olarak gündeme getirmeye çalıştılar. 12 Eylül Askeri darbesinin haksız yargılamaları sonucu o dönem cezaevlerinde bulunan 287 idam hükümlüsü, toplumu yönetenler tarafından rehin gibi görülüyordu. İdam tartışmalarının tekrar hortlatılması üzerine derneğimiz bir kez daha "İdama Hayır" çalışmalarını başlattı. İmza kampanyaları düzenledi. Afişlemeler, paneller yapıldı. Çoğu yerde bu amaçlı afişlerimiz yasaklandı. Bu süreçte çalışmalarımızdan dolayı Danimarka Barış Vakfı, derneğimize ödül verdi. Yine 1988 yılında Nokta Dergisinin "Doruktakiler" ödülü ile, Çağdaş Gazeteciler Derneği´nin "Özel Onur Ödülü" derneğimize verildi.
İnsan Hakları Evrensel Bildirisi´nin 40. yılında, derneğimiz, Düşünce ve Örgütlenme Özgürlüğü, Çalışma Hakkı ve Çalışma Yaşamının Demokratikleştirilmesi ile Sığınma ve Uyrukluk Hakkı alanlarında çalışmalar yapmıştır.
1988, 1989, 1990 yılları, düşünce ve örgütlenme özgürlüğünün önünde yıllardır engel olarak duran TCK 141-142-163. maddelerinin kaldırılması yolunda, derneğin aktif çalışmalar yaptığı süreçler oldu. Keza bu yıllarda Türkçe´den başka dillerin kullanılmasını yasaklayan ama esas olarak Kürtçe´nin konuşma ve yazım dili olarak kullanılmasını yasaklamak amacıyla 12 Eylül Askeri darbesinden sonra yürürlüğe konan 2932 sayılı yasanın kaldırılması için yoğun çalışmalar yapıldı.
1988 yılında Irak yönetiminin Kürt halkına karşı giriştiği insanlık dışı soykırım sonucu coğrafyamıza onbinlerce insan göçetmek zorunda kaldı. Sığınmacı kampları oluştu. Bu kamplardaki insani yaşam koşullarını yerinde incelemek üzere kamplara inceleme heyetleri gönderildi. Evrensel belgelerde öngörülen hak ve özgürlüklerden sığınmacı Kürtlerinde yararlanması için çalışmalar ve kampanyalar düzenlendi. "Halepçe´den Kamplara Kürtler" adlı bir kitap derneğimiz ve bazı yayın evleriyle birlikte çıkarılıp, kamptaki insanlık dışı koşullar teşhir edilmiştir.
Yine 1988´in ilk aylarında derneğimiz, 12 Eylül döneminin ünlü 1402 sayılı yasası nedeniyle işini kaybedenlerin sayılarını ve sorunlarını saptamak üzere Doç. Dr. Nurkut İnan´ın başkanlığında bir komisyon oluşturdu. 1988 Ekim ayında "1402´ler ve Çalışma ve Öğretim Hakkı Kurultayı" düzenlendi. Bu komisyonun hazırladığı "1402´likler ve Çalışma Hakkı Raporu" 1989 yılındaki ILO toplantısında temel referans olarak kabul edildi. Ve Türkiye´nin "Özel Pragraf"a alınmasında bu raporumuzun etkisi oldu.
1988-1990 yılları derneğimizin Olağanüstü Hal baskı rejimine karşı, Bakanlar Kurulunca gündeme getirilen bir dizi zorbalık kararnamelerine karşı, 413-424-425-428 vs. sayılı "sansür, sürgün" kararnamelerine karşı yoğun mücadele yılları oldu. Bu kararnameler Kürtler için mevcut, yetersiz ve ayrımcı yasaları dahi lüks görerek kaldırıyor, yerine yürütmesi tamamen Olağanüstü Hal Valisi´nin keyfine bırakılan hukuk dışı, insan haklarına aykırı emirnameleri getiriyordu. Öyle ki bu tasarruflar hakkında idare mahkemesinde insanlar haklarını dahi arıyamaz hale getiriliyordu. Kararnamelerin insan haklarına, ulusalüstü hukuk ilkelerine aykırılığı konusunda derneğimizce sayısız toplantılar, raporlar, hukuki açıdan irdeleme ve arştırma çalışmaları bu süreçte gerçekleştirildi. Bu yıllarda Kürtler´in yerleşim alanlarının zorla boşaltılması, kitleleri göçe zorlama politikalarının gündeme getirilmesi de hızlandı. Bu sorunları da yerinde incelemek üzere sayısız heyetler inceleme ve araştırma çalışmaları yapmıştır.
1990 Ağustos´undan itibaren Irak´ın Kuvveyt´i işgaliyle gündeme gelen savaş tehlikesiyle toplumumuz da ciddi olarak karşı karşıya kaldı. Derneğimiz ilk andan itibaren "Savaşa Hayır" diyerek iktidarın savaşa girme yanlısı politikalarını teşhir ve barış saflarını güçlendirmek için bir dizi kampanyalar, etkinlikler gerçekleştirdi. Halkların Barış Hakkı´nı esas alan politikalar çalışmalarımızda esas oldu.
Bu yıllarda Çocuk Hakları da dernegimizin önemle ilgilendigi bir alan olarak algılanmaya başlandı. Uluslararası Çocuk Hakları Sözleşmesi´nin Türkiye tarafından çekincesiz kabul edilip onaylanması için, Kürt varlığını, dilinin ve kimliğinin red amacıyla sözleşmenin 17, 29 ve 30. maddelerine konan çekincelerin kaldırılması için yağun çalışmalar yapıldı.
Bu yıllarda derneğimiz Azerbeycan ve Gümülcine´deki (Yunanistan) hak ihlalleri konusunda da, Batı Trakya´daki azınlık hakları ihlalleri konusunda da eleştirel tavır takındı. Halkların eşitlik ve özgürlük temelinde barış hakkının evrensel bir ilke olduğunu vurguladı. Yine Bulgaristan´ın bu süreçte gündeme gelen (1989) zorunlu göç politikası ve Türkiye´nin sınırlarını kapatması olayları, etnik köken nedeniyle uyguladığı ayrımcılık politikası derneğimiz tarafından kınandı.
Dernek ilk kuruluş yılları sürecinde Yaya Hakları sorunlarını da toplum gündemine getirmiş, bu konudaki bildirgeyi toplum gündemine sokmuştur.
1990´dan itibaren çevre sorunlarıyla daha çok ilgilenilmeye başlanmış, Hasankeyf´in kurtarılması kampanyalarında yer alınılmıştır. Fransa´nın Nükleer Silah denemelerini protesto etmiştir. 1995 yılında Mersin´de yapılan Nükleer Santrallere Hayır etkinliklerine katılınmıştır.
1990-1994 süreci kamu çalışanlarının da toplu sözleşmeli sendikalaşma taleplerinin, mücadelelerinin doruklara çıktığı bir süreç oldu. Bu süreçte derneğimiz bu mücadeleyi aktif olarak destekledi. Tüm çalışanların grevli-toplu sözleşmeli sendikalaşma mücadelesinin meşruluğunu tüm dünyaya ilan etti.
Emekçilerin sorunlarına karşı, kurulduğundan beri özenle duyarlılık gösteren derneğimiz, 1990-1991 sürecinde maden ocaklarının kapatılması gündeme geldiğinde Zonguldak- Mengen büyük işçi mücadelesini desteklemiştir.
Yeni Çeltek´te meydana gelen grizu patlaması olayı ile ilgili çalışmalar yapıldı. İş kazaları konusunda alınması gereken önlemler dernek tarafından gündeme getirildi.
1989-1991 süreci derneğin giderek çalışma alanlarını daha da çok genişlettiği yıllar olmuştur. İnançlar üzerindeki baskılara karşı hiçbir ayrım politikası yapılmadan tavır alınmaya başlanılmış, mesih inançlılar üzerindeki baskılara da, kiliseler üzerindeki baskılara da karşı çıkılmıştır. Bu yıllarda artık vize, iltica ve pasaport konusundaki haksız uygulamalar da derneğin sistemli olarak ilgilendiği bir alan olmuştur. Kadın sorunlarıyla ilgilenilme yolunda adımların yetersiz de olsa atıldığı bir süreç oldu.
Derneğimiz TCK 125. madde´den dolayı hükümlü olan Kürt hükümlülere, diğer hükümlülere tanınan salıverilme uygulamasının esirgenmesini bir haksızlık ve ayrımcılık olarak değerlendirerek tüm dünyaya duyurdu.
Bu sürece değinirken 1990 Genel Kurulu´nda insan hakları mücadelesi açısından önemli olan bir tabunun yıkılması olayına değinmek durumundayız. Bu kongrede daha sonra bir kontra cinayeti sonucu kaybettiğimiz derneğimizin aktif üyelerinden ve yöneticilerinden Vedat Aydın ilk kez resmi bir kongrede kendi ana dilini, Kürtçeyi, konuşma dili olarak kullanmış ve böylece yasakların ve tabuların gerilmesine yol açan sıcak bir tartışma sürecini başlatmıştır.
1991-1993 yılları iktidarın Kürt sorununda savaş politikalarını, askeri politikalarını doruğa çıkardığı yıllar oldu. Bu süreçte derneğimiz, Newroz nedeniyle yaşanan katliamlara, Şırnak´ta yaşanan katliamlara seyirci kalmadı. Araştırma ve gözlemci heyetleri göndererek ihlalleri bizzat inceledi, tanık oldu. Raporlar hazırladı. Tüm dünyaya gerçekleri anlatmaya çalıştı. Merkezi düzeyde bir katılımla Birleşmiş Milletler´e bir deklerasyon verilmiş, Birleşmiş Milletler Temsilciliği önünde kısa süreli bir oturma eylemi de gerçekleştirmiştir.
Kürt sorununda barışın, demokratik ve siyasi çözümden geçtiğini, halkların eşitliğini ve özgürlüğünü savunmanın temel olduğunu, askeri ve zor politikalarına son verilmesi gerektiğini ilke olarak savundu.
1990´dan itibaren Diyarbakır Şube´mizin katkılarıyla haklarında sayısız davalar açılan, toplatma kararları verilen "Olağanüstü Hal Bölge Raporları" hazırlandı.
Aydınlar İnisiyatifi´yle birlikte PKK´nın tek yanlı ateşkesi gündeme getirdiği 1993 Mart´ından sonraki süreçte halen devam eden insan hakları ihlallerini, yerinde incelemek üzere müşterek bir heyet oluşturuldu. Bu heyetin 1993 yazı başlangıcındaki çalışması bizzat özel timlerin, korucuların, güvenlik güçlerinin saldırısıyla engellendi. Bu girişimlerin arkasından yine derneğimizin aktif inisiyatifiyle aydınların (başta Üyemiz Yaşar Kemal olmak üzere), demokratik kurum temsilcilerinin katılımıyla İstanbul´da Kürt sorunu da dahil olmak üzere coğrafyamızdaki tüm demokrasi ve insan hakları sorunlarını konu alan iki gün süren bir demokrasi kurultayı düzenlendi. (1993 Kasım- Aralık süreci). Bu kurultaya iki önemli tartışma bildirgesi sunuldu. Kurultay sonunda Barışa, İnsan Haklarına Saygı Bildirgesi Hazırlandı.
1994 yılında "Olağanüstü Hal İdaresi´nin" baskıcı politikaları neticesi yerlerinden yurtlarından kaçarak Güney Kürdistan´a gitmek zorunda kalan 15 bine yakın Kürt´ün insani problemlerini yerinde incelemek üzere diğer ilgili kurumların da katılımıyla Güney Kürdistan´a bir inceleme heyeti gönderilmiş, daha sonra bu konudaki rapor kamuoyuna açıklanmıştır.
Yine devlet tarafından bilinçli olarak devam ettirilen koruculuk, yoksa zorunlu göç politikaları sonucu boşaltılan 2500 civarında köyden metropollere göç etmek zorunda kalan insanların insani problemlerini araştırmak üzere İstanbul Şube´sinin öncülüğünde, Bursa, Mersin´i kapsayan 3200 kişiyi konu alan bir araştırma çalışması yapılmıştır. (1994)
1991-1994 sürecinde derneğimiz, "Olağanüstü Hal Bölgesi´nde" gerçekleştirilen halka yönelik gıda ambargosuna, sivil yerleşim birimlerinin bombalanmasına, ormanların yakılmasına, bölgede nereden gelirse gelsin basına konan ambargolara, zorunlu göç politikalarına aktif olarak tavır aldı; İnsan Haklarını, halkların haklarını ısrarla savundu.
1990-1995 süreci tamamen kurumlaşan "Gözaltında Kayıplar" olgusuna karşı da derneğimizin yoğun uğraşlar verdiği yılllar olmuştur. Bu konuda kayıp yakınlarının uğraşlarına destek verilmiş, İHD özgünlüğünde etkinlikler yapılmış, komisyonlar oluşturulmuş, özel sayılar, afişler çıkartılmış, uzun süreli kampanyalar düzenlenmiştir.
1990-1995 süreci de ilk yıllarımızda da olduğu gibi adeta işkenceye karşı mücadele yılları olarak geçmiştir. İşkence konusunda adli-politik, sağ-sol ayrımı yapılmadan işkence uygulamalarının üzerine gidilmiş, bu konuda Ankara Şubemiz iki kez yıllık kitaplar çıkarmış, İstanbul Şubemiz yıllık raporlar düzenlemiştir. Derneğimiz sadece emniyette, karakollarda, cezaevlerinde yapılan işkence uygulamalarına karşı değil, okullarda rastlanan dayak ve kötü muameleye karşı da, ailede rastlanan dayak ve kötü muamelelere karşı da, orduda rastlanan kötü muamelelere karşı da duyarlı olmaya çalışmıştır.
1990-1995 süreci yargısız infazlara karşı da mücadele yılları olmuştur. Bu konuda olay mahallerinde araştırmalar yapılmış, demokratik hukuk kuralları açısından güvenlik güclerinin çalışma tarzları eleştirilmiş, bu konudaki başta "keyfi ve yargısız infazların önlenmesine dair Birleşmiş Milletler prensipleri" olmak üzere ulusalüstü hukuk belgelerine devlet uymaya çağrılmıştır. Bu konularda açılan davalarda derneğimiz mensubu hukukçular müdahil avukatlar olarak görev yapmışlardır.
1990 sonraları ile 1991 tümüyle derneğimizin, "Terörle Mücadele Yasası" altında getirilen, düşünceyi suç olmaktan da öte "Terör Suçu" olarak değerlendiren, düşünce ve örgütlenme özürlüğüne, kaldırılan TCK´nın 141-142. maddelerinden daha ağır ve daha katı hükümler getiren, esas olarak sömürgeci ve ırkçı rejimlerden ithal edilmiş olan baskı ve zulüm yasasına karşı mücadele yılları oldu. Bu süreçte bu yasanın insan haklarına ve ulusalüstü hukuk ilkelerine aykırılığını irdeleyen bir kitap hazırlandı. Bu yasanın meclisten geçmemesi için, geçtikten sonra da Anayasa Mahkemesi´nde iptal edilmesi için onbinlerce imza toplandı, etkinlikler yapıldı. İstanbul´da bu yasaya karşı ilk kitle mitingi gerçekleştirildi.
1994-1995 dönemi "TMY" nın uygulamaları nedeniyle "Düşünceye Özgürlük" çabalarımızın da durmak bilmeden hızla devam ettiği bir süreç olmuştur. 1994 Kasım´ında bu konuda aydın ve demokratik çevrelerin de katılımıyla İstanbul´dan başlayan düşünceye özgürlük yürüyüşü gerçekleştirilmiş, TBMM başkanlığına düşünce özgürlüğüne engel tüm yasalara ve uygulamalara son verilmesini içeren binlerce imzalı dosyalar verilmiştir. Derneğimizin bu konuda perspektifi nettir. Sınırsız düşünce özgürlüğünü savunuyoruz. Sadece TMY´nin 8. maddesinin değil, düşünce özgürlüğünü engelleyen tüm yasaların kaldırılması gerektiğini savunuyoruz.
Derneğimiz 1990-1995 sürecinde azınlık hakları konusunda da giderek ivme artırıcı duyarlılık göstermiştir. "Olağanüstü Hal Bölgesi" ndeki Süryanilere, Keldanilere dayatılan koruculuk ve göçe zorlama politikalarına karşı çıkmış, metropollerde Ermeniler, Rumlar, Yahudiler üzerinde giderek artan hak ihlallerine tavır almıştır. Kiliselere ve azınlık mezarlarına yönelik saldırılara, kiliselere yapılan bağışlara yasal düzenlemelerle el konmasına, azınlık okullarına getirilen tahditlere, Ayasofya´nın cami yapılması eğilimlerine karşı çıkmıştır.
Azınlık inançların, inanç ve ibadet özgürlüklerini savunmuş, geleneksel çoğunluk inancı lehindeki dayatmaların karşısında yer almıştır. Çoğunluk azınlık ayrımı yapmadan devletin inançlar üzerindeki yasakçı baskılarına da derneğimiz tavır almıştır. Sivas ve Gaziosmanpaşa olaylarına özgürlükçü ve demokratik perspektifle yaklaşmış, gerçek laikliğin yasakçı olmayan halk iradesini temele alan her türlü inancın eşit haklara sahip olması gerektiğini ve kardeşliği gerektiğini vurgulayan bir anlayışla yaklaşmıştır.
Derneğimiz Irak, İran, Afganistan, Tunus´dan can güvenliği nedeniyle kaçarak Türkiye´ye gelen insanların Türkiye tarafından her türlü ulusalüstü hukuk kuralları bir tarafa atılarak, kaçtıkları ülkeye tekrar iade edilmelerine imkanları ölçüsünde engel olmuş, bu konularda da çalışmalar yapmıştır.
Derneğimiz özellikle 1990 sonrasında mücadelesini evrensel boyutlarda geliştirmiştir. ABD, İran, Mısır, Cezayir, Çin, Küba, Suudi Arabistan´daki idam cezalarına karşı çıkmış, en son siyah yazar Abu Jamal örneğinde olduğu gibi bu ülkelerin diplomatik temsilciliklerine protesto mektupları verilmiştir. Kafkasya´daki ülkeler ve halklar arsındaki savaşların son bulması ve halkların haklarına saygı gösterilmesi çerçevesinde Gürcistan´ın Abhazya ve Çeçenya işgalini kınamış, Abhaz ve Çeçenya halklarının kendi kaderini tayin hakkını savunmuştur. Çeçenya hükümet üyesinin İstanbul´daki açlık grevi desteklenmiştir.
Bosna Hersek´teki Sırp şovenizminin Bosna Hersek halkları üzerindeki ihlallerine tavır alınmış, Bosna Hersek´teki Sırp zulmünden dolayı Türkiye´ye gelmek zorunda kalan sığınmacıkamplarını iki kez ziyaret etmiş, Bulgaristan ve Yunanistan´daki azınlık hakları ihlallrini eleştirmiştir.
Derneğimiz Viyana´da yapılan Dünya İnsan Hakları Konferansı´na da merkezi bir heyetle katılmıştır. Yine son dönemde İspanya´da yapılan İnsan Hakları Federasyonu´nun çalışmalarına katılınmış, bu federasyona üye olunmuştur. 1993 Kuzey Avrupa Ülkeleri ziyaret edilerek, bu ülkelerdeki sivil toplum kurumlarıyla, UAÖ temsilcileriyle, işkence ve rehabilitasyon merkezleriyle, basın organlarıyla görüşmeler gerçekleştirilmiş, derneğin politikaları hakkında bilgilendirmeler yapılmıştır.